獎勵民眾以網路報稅的免罰優惠有條件，財政部台北市國稅局指出，使用網路報稅卻未查調所得，或漏報不在查調範圍內的所得，其漏報所得逾25 萬元，且漏稅額達1.5萬元者，不僅無法免罰，還會被按本稅加處0.2到0.4倍罰款。
財部為鼓勵民眾利用網路報稅，提供網路申報者免罰優惠。不過國稅局強調，並非使用網路報稅就能免罰，還必須利用政府所得資料庫查調所得者，才具有免罰的基本資格，否則一旦發現漏稅，仍要處罰。
國稅局並歸納出民眾誤解網路報稅免罰，結果卻因漏報所得遭罰的幾種狀況，包括使用網路報稅，但卻未查調所得； 查調所得，但是卻不採用網路報稅。或是使用網路報稅，並查調所得，但卻自行刪減查調所得資料的筆數，形成短報。
台北市國稅局指出，網路報稅者只要使用電子憑證，就可以自行上網自財政部財稅資料中心的所得資料庫中，直接下載個人的所得資料，匯載入網路申報書報稅；查調所得的管道，也可以透過國稅局臨櫃查調。不過，北市國稅局提醒納稅人，不管是使用電子憑證，經由報稅軟體下載，或至國稅局臨櫃查調所得，取得的報稅所得資料都只有扣繳所得資料，並不包括執行業務所得，納稅人報稅時，必須符合自動申報無法經由查調取得的所得，才能免罰。
財政部為鼓勵「e化」報稅人，凡是使用自然人憑證查調個人所得，並採取網路報稅者，其所得稅申報若出現短漏報所得的逃漏稅情形，將有條件享有免罰優待。
97年度個人綜合所得稅已自5月1日起進入申報期，6月1日截止報稅。財政部表示，去（97）年申報96年度綜所稅者，有多達268萬戶採用網路報稅，占總申報戶數的50%。
為了提高網路報稅的比例，財政部賦稅署訂定今年網路報稅比重至少要達到52%以上的目標，申報戶數希望能夠達到280萬戶。由於網路報稅具有可以查調並匯載所得，避免計算錯誤與直接上傳等好處，財政部建議民眾，可多多採用。
為鼓勵民眾採用網路報稅，財政部也祭出減罰優惠，民眾依所得稅法或所得基本稅額條例規定，應申報課稅的所得額有漏報或短報，致短漏稅額應處罰鍰的案件，只要納稅人採用網路辦理結算申報，且經調查核定短漏報的課稅所得，符合以下條件者，即可免處罰：
一、短漏報所得屬扣繳義務人、營利事業或信託行為的受託人，依法應彙報稽徵機關的各類所得扣繳暨免扣繳憑單（不包括執行業務所得格式代號9A各類所得扣繳暨免扣繳憑單）、股利憑單、緩課股票轉讓所得申報憑單、信託財產各類所得憑單及信託財產緩課股票轉讓所得申報憑單所得資料。
二、屬納稅人依規定向財政部財稅資料中心或稽徵機關查詢，而該機關未能提供的所得資料。
使用內政部自然人憑證IC卡或財政部審核通過的20家金融憑證，即可透過網路查詢所得，免出門、免排隊，且報稅系統自動以最有利方式幫納稅人計算應納稅額，正確又便利。配合短漏報特定扣繳所得可以免罰的獎勵措施，財政部認為應可吸引民眾選用網路報稅。
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