綜所稅申報方式有三種，繳稅方式則有六種，包括繳稅取款委託書、自動櫃員機（ATM）、信用卡、晶片金融卡、便利商店及金融機構代收等。今年除了信用卡繳稅手續費視各發卡銀行而定之外，其餘繳稅方式都不再收取手續費；而且首度開放失業、無薪休假及財務困難者，可申請分期繳稅，但要加計利息。
「繳稅取款委託書」是最常見的繳稅方式之一，可以使用本人、配偶或受扶養親屬的存款帳戶，填寫「繳稅取款委託書」，並加蓋存款人印鑑，附在申報書內；採用網路申報或二維條碼申報者，不用填寫繳稅取款委託書，但採用網路申報者，以本人或配偶的存款帳戶為限。
至於ATM轉帳繳稅，只要持金融卡，利用貼有「提款+轉帳+繳稅」標誌的ATM，進行轉帳繳稅即可，不用填寫繳款書，但應將交易明細表附在申報書內。
信用卡繳稅則限本人或配偶的信用卡，但只能使用一張信用卡，可透過電話語音（6碼地區為411111、416666，7碼地區為4121111、4126666），或網路（https://paytax.nat.gov.tw）辦理；採用網路申報者，在繳稅畫面中點選信用卡繳稅，直接輸入相關資料即可。
如果以現金或支票繳稅，就要填寫「自行繳納稅額繳款書」，或上網至財政部稅務入口網站，登錄列印附有條碼的繳款書，再向代收稅款處繳納。
金融機構可代收現金及支票，便利商店則只收現金，而且限稅額2萬元以下，目前代收稅款的包括統一（7-11）、全家、萊爾富及來來（OK）等四大超商系統。
另外，去年所得稅有延期繳納措施，今年起則有分期繳納規定。除了遭遇天災事變，原本就可以申請分期繳稅（不用加計利息）之外，只要過去一年來，曾領取失業給付、職業訓練生活津貼、近貧補助及馬上關懷救助金者、無薪休假日占當月工作日2分之1以上達2個月、或因其他因素發生財務困難，都可以在報稅期限內申請分期繳稅，但要加計利息，分期期限視稅款多寡而定，最長可達3年。
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